La microbiota intestinal es uno de los campos más investigados de la biomedicina, y también uno de los que más se exageran en el marketing de suplementos. Esta guía separa lo que está medido en personas de lo que viene de ratones o de asociaciones.
Qué es la microbiota intestinal

La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que viven en el tubo digestivo: bacterias, arqueas, hongos y virus. Según la estimación de Sender et al. (PLoS Biology, 2016), un adulto de referencia lleva unos 38 billones de bacterias, del mismo orden que sus células humanas, y no diez veces más como se repetía.
El microbioma incluye también sus genes. El catálogo de Qin et al. (Nature, 2010) reunió 3,3 millones de genes microbianos del intestino humano, muchísimos más que los del genoma humano. Gracias a ellos, las bacterias descomponen fibras que nosotros no podemos digerir, fabrican algunas vitaminas (K2 y del grupo B) y producen ácidos grasos de cadena corta como el butirato.
Más que tener unas bacterias "correctas", lo que se asocia a buena salud es una comunidad diversa y estable. Cuando se desequilibra se habla de disbiosis, un término útil pero todavía mal definido.
El eje intestino-cerebro
El eje intestino-cerebro es la comunicación en los dos sentidos entre el cerebro y el sistema nervioso del intestino, que tiene cientos de millones de neuronas. El nervio vago es una de sus vías.
Las vías por las que la microbiota podría influir en el cerebro, estudiadas sobre todo en animales:
- Neurotransmisores: la mayor parte de la serotonina del cuerpo se fabrica en el intestino (aunque no cruza al cerebro), y la microbiota influye en su producción.
- Eje del estrés: en ratones sin microbiota, la respuesta al estrés está alterada.
- Barrera intestinal: si se vuelve más permeable, pasan componentes bacterianos a la sangre que generan inflamación.
- Hormonas intestinales como el GLP-1 o el PYY, que actúan sobre el apetito.
En personas, el metaanálisis de Liu et al. (Neuroscience & Biobehavioral Reviews, 2019), con 34 ensayos, encontró que los probióticos tenían un efecto pequeño sobre la depresión y la ansiedad, algo mayor en pacientes, y que los prebióticos no se diferenciaban del placebo. No sustituyen al tratamiento.
Microbiota y longevidad
Lo que se sabe viene de estudios observacionales: muestran asociaciones, no causas.
En el estudio de Wilmanski et al. (Nature Metabolism, 2021), con más de 9.000 personas, la microbiota se volvía más "única" (menos parecida a la de los demás) con la edad. A partir de los 80 años, quienes estaban sanos seguían esa tendencia, y tener poca singularidad o mucho dominio de Bacteroides predecía menos supervivencia a 4 años.
En el de Biagi et al. (Current Biology, 2016), de la Universidad de Bolonia, las personas de 105 a 109 años tenían más grupos bacterianos asociados a la salud, como Akkermansia y Bifidobacterium, que los adultos más jóvenes.
La relación más plausible pasa por la inflamación crónica de bajo grado (inflammaging) y por los ácidos grasos de cadena corta que las bacterias producen al fermentar la fibra.
Qué la perjudica
Antibióticos
Son lo que más altera la microbiota. La mayoría de especies se recupera en semanas, pero no siempre del todo. Ojo con la idea de tomar probióticos para "recuperarla": en el estudio de Suez et al. (Cell, 2018), los probióticos tras los antibióticos retrasaron la recuperación de la microbiota propia en personas. Si necesitas antibióticos, tómalos como te los pauten; para la diarrea asociada, consulta al médico o al farmacéutico.
Ultraprocesados y emulsionantes
Suelen ser pobres en fibra. Además, en ratones, emulsionantes como la carboximetilcelulosa (E466) y el polisorbato 80 (E433) alteraron la capa de moco intestinal y la microbiota, y favorecieron inflamación y síndrome metabólico (Chassaing et al., Nature, 2015). En personas, en el ensayo de Suez et al. (Cell, 2022) con 120 adultos, la sacarina y la sucralosa empeoraron la respuesta a la glucosa a través de la microbiota.
Estrés, sueño y horarios
La microbiota tiene ritmos a lo largo del día que siguen a las comidas. En el estudio de Thaiss et al. (Cell, 2014), sobre todo en ratones y con algunos datos humanos, el jet lag alteró esos ritmos y la microbiota resultante favorecía la intolerancia a la glucosa al trasplantarla a ratones.
Sedentarismo
Los deportistas tienen microbiotas más diversas que los sedentarios (Clarke et al., Gut, 2014, con jugadores de rugby), aunque también comen distinto. En el ensayo de Allen et al. (Medicine & Science in Sports & Exercise, 2018), 6 semanas de ejercicio aeróbico cambiaron la microbiota, y en las personas delgadas aumentaron los ácidos grasos de cadena corta; los cambios se perdieron al volver al sedentarismo.
Qué comer
El ensayo más citado es el de Wastyk et al. (Cell, 2021), de Stanford: 36 adultos sanos con una dieta rica en fibra o rica en alimentos fermentados durante 17 semanas. La dieta con fermentados aumentó la diversidad de la microbiota y redujo marcadores de inflamación. La de fibra no cambió la diversidad, aunque sí la capacidad de las bacterias para degradar fibra.
1. Fermentados
Yogur, kéfir, chucrut, kimchi o encurtidos fermentados. Para que lleven bacterias vivas tienen que ser sin pasteurizar después de fermentar: si la etiqueta dice "pasteurizado", no las tienen.
2. Fibra variada
Cada bacteria fermenta tipos de fibra distintos: inulina (puerro, ajo, alcachofa), pectina (manzana, cítricos), betaglucanos (avena), almidón resistente (patata o legumbre cocida y enfriada). En el proyecto American Gut (McDonald et al., mSystems, 2018), quienes comían más de 30 tipos de plantas a la semana tenían una microbiota más diversa.
3. Legumbres
Ricas en fibra fermentable y almidón resistente. Los gases del principio suelen bajar al acostumbrarse; mejor introducirlas poco a poco.
4. Aceite de oliva virgen extra, frutas y verduras
Aportan polifenoles, que las bacterias también transforman. Forman parte del patrón mediterráneo, el más estudiado para la salud a largo plazo.
Prebióticos, probióticos y postbióticos
| Término | Qué es | Ejemplos |
|---|---|---|
| Prebiótico | Sustrato que alimenta a ciertas bacterias | Inulina, FOS, GOS, almidón resistente |
| Probiótico | Microorganismos vivos con un efecto demostrado | Ciertas cepas de Lactobacillus, Bifidobacterium, S. boulardii |
| Postbiótico | Microorganismos inactivados o sus componentes | Bacterias inactivadas por calor |
| Simbiótico | Prebiótico más probiótico | Fibra con una cepa probiótica |
El efecto de un probiótico depende de la cepa concreta y del problema: no se puede generalizar. Si te lo planteas para algo concreto (diarrea, intestino irritable), consúltalo con tu médico o farmacéutico. Para la mayoría, la comida (fibra variada y fermentados) es el primer paso.
Tests de microbiota: ¿merecen la pena?
Los tests comerciales secuencian el ADN bacteriano de una muestra de heces y te dan qué grupos tienes, en qué proporción y cómo de diversa es tu microbiota.
Lo que pueden hacer: darte una foto de tu diversidad y servir para comparar antes y después de un cambio de dieta.
Lo que no hacen: recetar probióticos personalizados con evidencia, predecir enfermedades en una persona concreta ni dar siempre el mismo resultado en distintos laboratorios. No sirven para diagnosticar nada. Si tienes síntomas digestivos, lo que toca es el médico.
Ayuno intermitente y microbiota
Como la microbiota sigue el ritmo de las comidas (Thaiss et al., 2014), los horarios regulares, con un periodo nocturno sin comer, encajan con su fisiología. En personas, los estudios de ayuno intermitente y microbiota son pequeños y con resultados variables; no hay pruebas sólidas de que el ayuno aumente de forma fiable bacterias concretas como Akkermansia.
Por dónde empezar
- Reduce los ultraprocesados y los edulcorantes, y no abuses del alcohol.
- Añade un fermentado al día (yogur o kéfir con bacterias vivas, chucrut sin pasteurizar), empezando con poco si no estás acostumbrado.
- Varía la fibra: apunta a muchas plantas distintas a la semana (verduras, frutas, legumbres, cereales integrales, frutos secos, hierbas y especias cuentan).
- Muévete: el ejercicio también cambia la microbiota.
- Si tienes síntomas digestivos persistentes, sangre en las heces o pérdida de peso sin explicación, al médico.
Preguntas frecuentes
¿Cuánto tarda en recuperarse la microbiota intestinal?
Depende de qué la alteró. Tras los antibióticos, la mayoría de especies vuelve en semanas, pero no siempre del todo. Con cambios de dieta, el estudio de Wastyk (2021) vio aumentar la diversidad a lo largo de las semanas con fermentados.
¿Los probióticos del supermercado sirven para algo?
Algunos yogures y kéfires llevan bacterias vivas y tienen efectos modestos. Los efectos de un probiótico dependen de la cepa, y tras los antibióticos pueden incluso retrasar la recuperación de la microbiota propia (Suez et al., 2018).
¿La microbiota se puede "resetear"?
No. El trasplante de microbiota fecal se usa en situaciones clínicas concretas, como la infección recurrente por Clostridioides difficile. Lo que sí se puede es cuidar la que tienes con fibra variada, fermentados y menos ultraprocesados.
¿Qué relación tiene la microbiota con el sistema inmune?
Gran parte del tejido inmune está en el intestino, en contacto con la microbiota, que ayuda a entrenarlo desde el nacimiento. En el estudio de Wastyk, la dieta con fermentados redujo marcadores de inflamación.
¿Un test de microbiota me dice qué probióticos tomar?
No de forma fiable. Sirven para ver tu diversidad y compararla antes y después de un cambio, pero no para recetar cepas ni diagnosticar.
Fuentes
- Sender R et al. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body. PLoS Biol. 2016. PubMed 27541692
- Qin J et al. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010. PubMed 20203603
- Liu RT et al. Prebiotics and probiotics for depression and anxiety: A systematic review and meta-analysis of controlled clinical trials. Neurosci Biobehav Rev. 2019. PubMed 31004628
- Wilmanski T et al. Gut microbiome pattern reflects healthy ageing and predicts survival in humans. Nat Metab. 2021. PubMed 33619379
- Biagi E et al. Gut Microbiota and Extreme Longevity. Curr Biol. 2016. PubMed 27185560
- Suez J et al. Post-Antibiotic Gut Mucosal Microbiome Reconstitution Is Impaired by Probiotics and Improved by Autologous FMT. Cell. 2018. PubMed 30193113
- Chassaing B et al. Dietary emulsifiers impact the mouse gut microbiota promoting colitis and metabolic syndrome. Nature. 2015. PubMed 25731162
- Suez J et al. Personalized microbiome-driven effects of non-nutritive sweeteners on human glucose tolerance. Cell. 2022. PubMed 35987213
- Thaiss CA et al. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis. Cell. 2014. PubMed 25417104
- Clarke SF et al. Exercise and associated dietary extremes impact on gut microbial diversity. Gut. 2014. PubMed 25021423
- Allen JM et al. Exercise Alters Gut Microbiota Composition and Function in Lean and Obese Humans. Med Sci Sports Exerc. 2018. PubMed 29166320
- Wastyk HC et al. Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status. Cell. 2021. PubMed 34256014
- McDonald D et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018. PubMed 29795809